선택받은 아이들의 모험이 끝난 지도 3년. 이제는 5학년이 된 리키도 신나리가 다니는 학교로 전학을 오게 된다. 한편 아구몬의 긴급요청을 받은 중학교 2학년생 신태일은 디지몬 카이저에 대한 얘기를 듣게 되고 황급히 선택받은 아이들을 부른다. 이때 최산해와 홍예지 이재하등이 컴퓨터실 부근에 있다가 난데 없는 디지바이스를 얻게 된다. 그들 가운데 최산해가 제일 먼저 브이몬과 만나게 되고 홍예지와 이재하가 차례로 파트너 디지몬인 호크몬 아르마온을 만난다. 디지털 월드의 위기에 다시금 디지털 월드로 향하는 선택받은 아이들. 하지만 어둠의 탑과, 검은 고리에 조종당하는 디지몬 앞에 속수무책인 태일이. 위기에 빠진 태일이를 구하기 위해 리키와 나리. 그리고 새로이 선택받은 아이들이 디지몬 카이저에 맞서 싸운다.
